在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是
外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
电影后的X档案怎么演，是所有影迷及电视评论家关注的焦点。这季的风评呈两极反应，有人喜欢，有人不喜欢。这一季多些喜剧，应该是说有非常多喜剧，让人捧腹大笑。但欢笑之余还是不能忘了X档案有重责在身，本季中间有两集是全剧六年来的大剖析。另外，大卫杜可夫尼自编自导了一集X档案。