《X档案》第五季，美国科幻电视连续剧，共20集，于1997年至1998年播映。主演延续《X档案》系列之原班人马。讲述美国联邦调查局特殊部门的两名探员，追查一系列被列作「X档案」、涉及超自然现象的离奇案件。

自杀！？当然不可能啦。经过一暑假漫长的等待，原来穆德和史卡利串通好来骗癌人等人，以等待及发现新证据。本季发展越来越精彩，史卡利被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的小孩-艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

外星人入侵（上）

此集延续上一季的最后一集。原来Mulder一直被国防部监视，在争执中Mulder杀了监视者，同时想出和Scully一起谎称尸体是Mulder的来寻求真相，找出能够治疗Scully癌症的药，但得Mulder千辛万苦找来的只是普通蒸馏水。

外星人入侵（下）

老烟鬼提醒Mulder在蒸馏水中有拯救Scully的晶片，也让他见到了自己的妹妹，但Scully并没有好转，她陷入迷茫，不知道是否应该相信上帝存在。因为老烟鬼和FBI主任产生分歧，主任要杀了老烟鬼，但只找到老烟鬼的血迹却没有尸体。

无辜的罪人

还记得Mulder三个可爱有趣的科学怪人朋友吗？这次开篇就讲述了几人认识的由来，故事惊险刺激又不失欢笑眼泪。而这次，因为事件发生于1989年，Mulder的黑人上司重新出现了。

危机丛林

两个测量者在西佛罗里达州的丛林里被袭击失踪，另一个带孩子来丛林里打猎的父亲也在开枪之后失踪。Mulder和Scully正好经过这里也参与寻找袭击者的行动，Mulder怀疑袭击者是450年前寻找青春之泉的里约。

某处有怪物

Mulder接到信件，有个女人声称自己见到怪物，并生下小孩，而最近，她又遇到这个怪物，结果明明两年前已经结扎的自己再度怀孕。Scully认为Mulder只是被骗了，而Mulder则认为是科学怪人实验失败而产生的怪物引起的事件。事实上，怪物并不可怕，他热爱他的父亲、热爱音乐、热爱生活。（附：PPS上第五、第六集重复，请上网自行搜索第五集观看）

圣诞歌（上）

Scully去哥哥家过圣诞时接到一个神秘电话，牵扯出一起自杀案件，而电话好像是她死去妹妹打来的。Scully在被害人家里看到死者的女儿，发现是领养的，而且跟妹妹小时候一模一样，因此怀疑是妹妹的女儿，但DNA检测却证明她是Scully的女儿。

圣诞歌（下）

此集延续上集。艾米丽的病情严重，而她的医师拿她做的实验性治疗方法并不简单，她的颈后长出一个肿瘤，并蔓延至全身，最终Scully也没能救回她的孩子。

猎狐

此集的犯人是第三季第17集出现过的罗博莫德，他当时原来并没有被Mulder打死，现在维琴尼亚州接受精神治疗和康复训练。然而他逃狱了，而随后他的主审官被杀，主审官的妻子琳达也被他追杀，但Mulder却认为琳达才是杀了主审官的人，而她拥有和罗博一样的能力。

魔树林

一个男孩巴比的继父在和巴比吵架时突然沉入土中，因此淹死。Mulder和Scully发现巴比被继父虐待，而另一个被虐待的女孩的父亲也莫名被杀。Mulder相信巴比没有杀了继父，而是想救他，而他们的医生卡伦有事隐瞒。

巫术鬼娃娃

Scully去度假，路过缅因州时有超市发生奇怪现象，不得不加入调查。玛丽莎透纳女儿的洋娃娃好像会说话，以至于她身边一直发生怪现象，还死了好几个人，甚至还想杀死玛丽莎。Mulder则因为Scully不在而很无聊，不知道是真的还是开玩笑地对Scully说：MARRYME。

人工智慧

唐纳吉曼发明了人工智能，但因为种种原因想要摧毁它，但反而被它杀死。通过电脑Mulder和Scully发现了同伙爱思特，原来他们想将自己的思想留在网络永垂不朽。黎明时刻是用来摧毁智能的开关，但最终被智能夺走。

吸血鬼传奇

Mulder一开场就杀死了一个吸血鬼，但是他的尖牙并不是真的，因此Mulder面临严重的指控。Mulder和Scully为了对口供，一起回忆经过，两人的回忆大相径庭。为了检验Mulder清白，其他验尸官对死了的吸血鬼进行验尸，结果是真的，而验尸官的喉咙也被咬破。原来不止这个吸血鬼，整个镇上的人都是吸血鬼。

X病人（上）

曾经接触过外星人的人被统称为X病人，但Mulder开始渐渐怀疑外星人的真实性。X病人坚信自己终有一天会被呼唤去往外星，但事实并不是如此，许多X病人被不知名生物屠杀，全身烧成黑炭而死。Scully也陷入危机。

X病人（下）

Scully苏醒后全无记忆，为了探知真相，做了深度催眠，还原了桥上所发生的真相，但Mulder反而对外星人存在论持怀疑态度。最后老烟鬼的出现证明了卡珊卓的儿子似乎和老烟鬼有某种关系。

亲共分子

1990年，一个警长抓住了一个杀人犯，史卡，他会把人的脏器全部取出却不伤任何皮肤。由于史卡死前一直叫着Mulder的名字，所以他前去询问了38年前接触过史卡的探员，得知了真相，也发现了自己父亲不为人知的一面。

心灵之眼

一个女人马蒂格伦回家之后看到幻觉，有一个男人被杀死，结果事情真的发生了，但前来的警官发现马蒂格伦是个盲人。Mulder认为马蒂有一种能力，可以看到凶手所做的，她本想救那些人，但来不及。而凶手原来是他的父亲，这就是为什么她可以看到凶手在做什么。

天使的灵魂

一个瘫痪女孩达拉走出家门跪在地上双眼被烧毁而死。Scully应神父的请求开始调查死亡原因，却发现女孩肩头的突出好像天使的翅膀。而且达拉是四胞胎，她的姐妹也以同样的方式而死，经过神父提点，Scully知道了这是四面天使席拉的故事。33

生化毒素阴谋

FBI追踪一宗交易，但是突然之间买家死了，死状可怖，好像中了生化毒素。而Scully发现Mulder好像在帮助犯人，因此跟踪他，但原来并不是这样，Mulder是奉上级的命令在做卧底。所谓病毒是美国政府在研究，Mulder和Scully不过是再次被利用。

二人幻觉

一个男人出现幻觉，自己的老板变成怪兽在杀死自己公司的员工，因为自己喜欢的女孩也被杀死，所以爆发了，持枪挟持公司里的人，但最终被击毙，在死亡前，他成功让Mulder发现这并不是幻觉，而是真实，可是也因此使Mulder陷入危险，所有人都认为他是精神病。

神童

国际象棋比赛中，一名旗手被枪杀，但通过视频，Mulder认为他的对手——一个年幼的孩子才是杀手的目标，而Mulder的前女友也发现这一点。经过接触，Mulder认为这个孩子不是会下象棋，而是具有读心能力。