M3超级90霰弹枪是M1超级90霰弹枪的一种改进型，因此在外形上两者比较接近，只是M3超级90的前托（下
护木）比较短且可以滑动。M3超级90霰弹枪采用与M1超级90霰弹枪相同的惯性后坐自动系统，但增加了泵动机构，射手可以迅速地把半自动模式转换成用泵动模式。
射击选择杆是前托前端的一个有凸边的转环，把控制杆逆时针转动并向前推，就可以使前托与枪管连接环闭锁，进行半自动射击；把控制杆逆时针转动并向后拉，就可以解脱前托，使之能作前后往复循环运动，同时锁住惯性簧使武器不能实现自动装填，而要像普通泵动方式一样手动抛壳、上膛。
惯性后坐系统的缺点是发射低压弹时可能没有足够的能量完成自动循环，而M3超级90霰弹枪采用双装填系统就是为了解决这个问题，霰弹枪可以用泵动工作方式射击低压弹，如非致命的橡胶弹或催泪弹等；或在半自动工作方式下快速射击全威力的战斗弹药，如大号铅弹或独头弹等。
除了双装填系统外，M3超级90霰弹枪与M1超级90霰弹枪的结构基本相同，也是双管式结构，铝合金机匣，碳纤维枪托和护木，因此重量轻而强度大。瞄准具有缺口式或鬼环式，也可以安装多种附件。M3超级90霰弹枪也保留了空仓挂机功能，而且在泵动工作方式下也起作用。
M3超级90霰弹枪也有多种不同长度的枪管和枪托供选择，其中有一种采用折叠式枪托的型号被称为M3T超级90，其管状框架式枪托可以向上翻起并卡扣在后瞄准具的基座上，以缩短霰弹枪的全长，便于射手在车内携带和在有限的空间内使用，必要时还可卸掉枪托使武器更加紧凑。