一个小鼠个体的H-2抗原包括许多抗原的复合体，它至少和H-2K、H-2G、H-2D三个基因座位有关。 H- 2K和H-2D位于两端，它们之间的交换率为0.5%。由于在H-2基因座位内包含有免疫应答基因（Ir）、补体第四成分基因（Ss）、雄特有蛋白质基因（Slp）等，因此H-2基因又称为H-2复合体（H-2 complex）。此外已经明确在哺乳动物的精子、桑椹胚以及未分化的畸形癌肿
细胞表面特异存在的F-9抗原；它具有和H-2抗原分子量相同的亚基结构（E．S．Vite- tta等，1975），这说明F-9抗原和哺乳动物的早期发育有很大关系。