GAP分析是指保护生物多样性的地理学方法。 保护生物多样性已经成为迫在眉睫的任务，建立自然保护区已经被证实是保护自然资源和生态环境最重要、最有效的措施。尽管被保护的土地面积越来越大，但保护区并没有有效的保护全部的生物多样性。
综合考虑区域植被、重要物种适宜生境的分布、土地所有权和保护区等方面的空间信息，利用
地理信息系统进行空间分析，找出不同植被类型、重要物种分布与
保护区之间的关系。在较大空间尺度上提供一个地区的生物多样性组成、分布与保护状况的概况，寻求没有出现在生物多样性保护区网络中的植被类型和濒危物种的保护空白地区，以便在土地管理实践中或通过新建保护区来填补。在保护实践中力求达到既保护濒危物种，又保护一个地区的生物多样性的双重目标，从而保证在保护计划中，有代表性的植被类型，重要物种，生物多样性高的生态系统都得到保护。
GAP分析为区域热点地区分析提供了一种方法框架。它是利用地理信息系统（GIS）和卫星图像并结合实地调查资料来寻找现存保护区中没有的动物型和植被型。这些保护空缺（gaps）将在下一步的保护计划中优先被保护。
生物多样性信息系统GAP分析的一系列图件，本身就是对生物多样性各组分的编目，其次GAP分析重要的手段是遥感，可以较迅速地获得数据，这样通过定期的对某一地区进行GAP分析，可以对生态系统和景观多样性进行监测，也可以对保护的成效进行评价。