通过用限制性内切酶消化和与特异的核心探针杂交取得不同大小的DNA片段的多点区带图谱，并经与另一个体的DNA图谱比较以评价其相似性的技术

。对多点带图谱中个体的特异性进行评价的方法被称为“DNA指纹图谱法”。该法是根据没有两个无亲缘关系的个体在同一位置上共有同相同的区带图谱的机率极低，所以DNA指纹图被认为对某一个体是独特的。这种技术已广泛地应用在法医和亲子鉴定。

根据不同位点的微卫星DNA可有相同重复顺序单位的特点，用一种核心重复顺序作为探针，可检测到许多不同位点的微卫星，经Southern Blot转移杂交，放射自显影在x光胶片上显现DNA指纹图谱，该图谱不表示任何特定微卫星位点，而是许多微卫星位点的集合状态。每个个体致少可显示18条以上的带纹，并且有高度的个体指导性。家系分析表明，该指纹以孟德尔遗传方式传递， 如果用不同位点微卫星DNA核心重复顺序制作核苷酸探针，可得到不同的DNA指纹，因此，该法在法医学上有较高的应用价值。