DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库，每日都 交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据 库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。

DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列，数据库通过WWW环球网，匿名FTP，e-mail或Gopher方式为广大研究人员服务。

他们开发了SQmateh工具，用来搜索基因或蛋白质中短的碱基或氨基酸序列区域，并建立了简便且易操作的SOAP(simple object aeeess protoco1)服务器。它的数据主要通过Sakura和MST工具来完成。与NCBI,EBM共同构成DNA三大数据库，这三大数据中心各自收集序列数据，并通过网络每天进行数据交换。近来三大数据库合作的项目主要包括TPA(tird pannotation)、CON(struct)或CON(tig)和XML数据交换格式的建立。TPA是一种基于已有数据库中的核酸序列产生的注释数据，它的格式与传统的GenBank一样，只是包含了“TPA”标签。CON(struct)或CON(tig)用于存储一些片段的拼接信息，这些片段是序列长度大于350 000 bp的核酸被分割而产生的，但这种长度限制在2004年6月就被取消。