CMV基因组有229kb，属疱疹病毒亚β科。CMV DNA只有一个单向性的IE启动子复合体，可指导多个基因的表达。在IE94基因上游存在一个强启动子，IE94的上游区比SV40病毒72bp重复序列具有更高的增强子功能IE94基因启动子区序列分析证明这一区段内有多个回文结构，并相间着保守的序列。在这一区段-50～-580bp之间至少有4套13～18bp的重复序列。IE1和IE2蛋白的表达受增强子的调控，此增强子也称为主要增强子立即早期启动了一增强子、IE1/IE2增强子或CMV增强子，是上游调节区复合体的一部分。因集中了细胞转录因子结合位点而具有异常高的活性，并且在多种类型的细胞的影响条件下均有活性。根据对
基因表达的影响可将此增强子分为3个区。在CMV感染中，增强子调控的表达先激活后抑制。在CMV复制早期可诱导NF-κB、AP-1和CREB/ATF等细胞转录因子与增强子中多位点结合。感染后可诱导产生NF-kB和aP-1。在感染晚期，ATF的结合受影响，其活性受病毒基因产物的调节。