BLAST全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，是生物信息学常用的工具软件，可将输入的核酸或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对，获得序列相似度等信息，从而判断序列的来源或进化关系。

工具介绍

BLAST全称Basic Local Alignment Search Tool，即基于局部序列比对算法的搜索工具。是由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)开发和管理的一套生物大分子一级结构美国国立医学图书馆（U.S. National Library of Medicine）的注册商标。

程序可将输入的核酸碱基或蛋白质氨基酸序列与数据库中的已知来源序列进行比对，输出序列之间的同源性信息，从而辅助判断输入的序列来源或与已知序列的进化关系。这套软件包含五种基本功能：

核酸序列对核酸序列库比对（blastn）：直接将输入的核酸序列与数据库中的核酸序列进行比对。

核酸序列对蛋白质序列库比对（blastx）：自动将输入的核酸序列翻译为蛋白质氨基酸序列后（根据可能的读码框和编码链的差别，一段核酸序列可能翻译为六种氨基酸序列），比对数据库中的蛋白质序列。

蛋白质序列对蛋白质序列库比对（blastp）：直接将输入的蛋白质氨基酸序列与数据库中的氨基酸序列进行比对。

蛋白序列对核酸序列库比对（tblastn）：将输入的蛋白质氨基酸序列，与由核酸数据库中的序列翻译而来的潜在的蛋白质氨基酸序列进行比对。

核酸序列的翻译序列对核酸序列库的翻译序列的比对（tblastx）：自动将输入的核酸序列翻译为蛋白质氨基酸序列后，与由核酸数据库中的序列翻译而来的潜在的蛋白质氨基酸序列进行比对。

BLAST程序有在线版亦有本地版。在线版可将输入序列与庞大的已知来源序列信息库进行比对，一般用于确定未知序列的来源，以及寻找不同物种中的同源基因；本地版是将输入序列与本地自行构建的序列信息库进行比对，比对的针对性更强，常用于在未发表基因组数据库中寻找同源基因信息，不依赖于网络，安全性和可靠性更高。