扩增片段长度多态性（AFLP）是1993年
荷兰科学家Zabeau和Vos发展起来的一种检测DN A多态性的新方法。
AFLP 是
RFLP 与
PCR相结合的产物，其基本原理是先利用
限制性内切酶水解
基因组 DNA 产生不同大小的 DNA 片段，再使
双链人工接头的
酶切片段相连接，作为扩增反应的模板 DNA，然后以人工接头的
互补链为
引物进行预扩增，最后在接头互补链的基础上添加 1—3个选择性
核苷酸作引物对模板 DNA 基因再进行选择性扩增，通过
聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测获得的
DNA扩增片段，根据扩增片段长度的不同检测出
多态性。
引物由三部分组成：与人工接头互补的核心碱基序列、限制性内切酶
识别序列、引物3’端的选择碱基序列（1—10
bp）。接头与接头相邻的酶切片段的几个碱基序列为
结合位点。
该技术的独特之处在于所用的专用引物可在知道 DNA 信息的前提下就可对酶切片段进行PCR 扩增。为使酶切浓度大小分布均匀，一般采用两个限制性
内切酶，一个酶为多
切点，另一个酶切点数较少，因而 AFLP 分析产生的主要是由两个酶共同酶切的片段。AFLP 结合了 RFLP 和
RAPD两种技术的优点，具有分辨率高、稳定性好、效率高的优点。但它的技术费用昂贵，对 DNA 的纯度和
内切酶的
质量要求很高。
尽管 AFLP 技术诞生时间较短，但可称之为
分子标记技术的又一次重大突破，被认为是一种十分理想、有效的分子标记。