2001年7月16日下午4点，龙山、拉甲坡和田角锌矿共安排职工500多人下井作业。17日凌晨3点多，拉甲坡矿9号井实施两次爆破后，标高-166m平巷的3号作业面与恒源最底部-167m平巷的隔水岩体产生脆性破坏，大量高压水从恒源矿涌出，发生透水，淹及拉甲坡矿3个工作面、龙山矿2个工作面、田角锌矿1个工作面，致使81人死亡，其中拉甲坡矿59人、龙山矿19人、田角锌矿3人，直接经济损失8000余万元。
事故发生后的当晚9时许，原南丹县委副书记打电话向县委书记汇报了事故情况，并告知有40多人死亡的消息，当晚万也将此消息告诉了原
南丹县县长。7月18日晚9时许，经与三个人密谋后，决定对此事故不按有关规定逐级上报组织抢救、调查、而是将事故真相隐瞒起来，并伙同授意三个督促龙泉矿冶总厂处理好事故病后工作，防止事故消息泄露。他们“不敢上报”还有另外一个重要原因：据公诉人指控，在担任南丹县委书记其期间18次非法收受他人财物合计人民币321.57798万元，并为他人谋取利益，涉嫌受贿罪；在担任南丹县常务副县长、县委副书记、县长期间，利用职务便利，先后14次非法收受他人财物合计人民币44.52万元，美元1000元，并为他人谋取利益，还伙同他人挪用公款95万元。如果把事故报上去，上级机关追查下来，他们害怕“老底”被翻出来。
事故发生后，河池地委、行署按照自治区领导的要求，于8月1日组织龙山、拉甲坡矿开始抽水，随后恒源、田角、果园、精诚、华星等矿先后投入排水工作。国务院调查组到达南丹后，立即勘察了事故现场，认为事故抢救和调查的关键是排干井下水，做到“水落石出、水干尸出”。为此，8月9日晚与自治区工作组一起研究制定了加大排水力度的措施，明确排水工作由河池行署、南丹县政府具体实施，派专人盯在现场，加强督导。同时，利用国有高峰矿与龙山矿水系相通的条件，改造局部排水系统，形成两矿联合排水系统; 将田角锌矿和拉甲坡矿排水系统连通，加大拉甲坡矿排水能力；新投入设备267台，参与排水的人员达到1900多人。这些措施落实后，井下日排水量由1.8万m3增加到4万m3以上。截止8月20日晚8时，事故涉及的7个矿井的水全部排干，共排水34万立方米。
广西南丹“7.17”事故被新闻媒体披露后，党中央、
国务院领导高度重视，指示“一定要把事故事实真相查个水落石出”。8月3日，以国家经贸委主任李荣融为组长的中央工作组赴广西南丹进行调查。2001年8月6日，吴邦国副总理主持会议，专题研究了南丹“7.17”事故和有关问题，并决定成立由国务院安全生产委员会副主任、国家安全生产监督管理局局长张宝明为组长，公安部副部长罗锋、监察部副部长陈昌智为副组长，中宣部、国家经贸委、公安部、监察部、国土资源部、安全监管局、全国总工会及最高人民检察院等8个部门有关负责同志为成员的国务院“7.17”特大事故调查组。
国务院调查组于2001年8月8日赶赴广西，听取了自治区党委、政府关于南丹“7.17”事故的情况汇报。8月9日到达南丹后，立即投入事故抢险排水和善后工作，按照8月6日会议纪要确定的“三个查清”的任务，同时展开事故原因、事故责任和社会治安的调查。到8月20日20时，事故涉及的7个矿井的积水全部排干。 通过现场勘察取证、技术分析和对有关人员的调查，历经3个月的时间，查明了事故发生的原因、隐瞒事故的真相和相关的责任，对黎东明等涉黑问题的调查也取得了进展，对128名责任者进行了刑事追究或党纪、政纪处理提出了建议，对大厂矿业秩序整治提出了措施。
2002年6月5日上午，广西南宁市中级人民法院依法对南丹“7.17”特大透水事故系列案件中的4名被告人作出一审判决。原南丹县委书记被判处死刑；原南丹县长被判处有期徒刑29年，决定执行20年；原南丹县委副书记被判处有期徒刑11年，决定执行10年；原南丹县副县长被判处有期徒刑14年决定执行13年，原河池地委书记，行专员和一名副书专员已被撤职正由纪检监机关审查，负有分管责任的广西壮族自治区一名副主席被行政记过处分，另有120多名涉案人员分别被逮捕被审查。