2018年中国足协杯资格赛备案的会员协会共30个,各已备案会员协会名额分配原则为自2011年中国足协杯赛恢复以来,截至2016年中国足协杯赛季结束,根据各会员协会业余俱乐部参赛场次,每场积1分。0积分的有1支报名名额;1至0积分有2支报名名额;10分以上有3支报名名额,见下表:
2017年中国足协杯正赛进入第三轮的业余球队(
上海嘉定博击足球俱乐部),直接晋级2018年中国足协杯资格赛决赛,不占用所属会员协会的报名名额;获得
2017年“我爱足球”中国足球民间争霸赛11人制全国总决赛前2名的队伍可直接报名参加2018年中国足协杯资格赛决赛。
预赛阶段报名球队按地域划分为南、北两个分区,其中南区有17支球队。预赛阶段分为南、北分区进行,南区进行6场预赛,北区则进行2场预赛,分别由排名靠后的12和4支球队参加。对阵编排原则为相同协会推荐球队互相回避,排名高的队伍主场对阵排名低的队伍。预赛阶段胜出的9支球队和其他13支球队共21支球队参加决赛阶段。
预赛阶段胜出的21支球队及2017年中国足协杯晋级第三轮的球队(上海嘉定城发)、
2017年“我爱足球”中国足球民间争霸赛11人制组全国总决赛前两名,共24支球队参加决赛阶段。由于北区的沈阳西成足球俱乐部放弃参加决赛阶段,根据规则由赤峰红山郡足球俱乐部递补参赛。2017年“我爱足球”中国足球民间争霸赛11人制冠亚军由
上海华交足球俱乐部和杭州吴越钱唐足球俱乐部直接获得决赛阶段的资格,但由于杭州吴越钱唐已具备决赛阶段资格,根据规则由南昌红谷滩足协特能足球俱乐部递补其预赛晋级资格参加决赛。24支球队分成6个小组,小组内4支球队采用“
双败淘汰制”,每小组前2名晋级足协杯正赛。