1664年是一个闰年，是农历甲辰年，是龙年。年号：清康熙三年、明永历十八年。1664年元旦是星期二。

一月

1月，莱布尼茨完成了论文《论法学之艰难》，获哲学硕士学位。

二月

2月，清政府以武昌、汉阳、黄州、安陆、德安、荆州、襄阳、郧阳八府归湖广巡抚管辖。以长沙、衡州、永州、宝庆、辰州、常德、岳州七府，郴、靖二州归偏沅巡抚管辖。是月，添设湖广按察使司按察使、驻扎长沙府。

2月，金、厦陷，时郑氏宗族部将多降清，惟冯锡范与陈永华、洪旭等随侍无猜，同还东宁。

三月

3月，郑经在接连战败后，众心离散，镇营多叛，诸军乏粮，铜山再难坚守，于是，他与陈永华、冯锡范等率余众，退归台湾。

3月，查理二世把长岛赐予约克公爵。

3月19日，命湖广右布政，移驻长沙，管辖长沙、宝庆、衡州、永州、辰州、常德、岳州等七府及郴、靖二州。

四月

4月，由于明确了管辖范围，偏沅巡抚周召南疏报，岳州、长沙、宝庆、永州等十二府州共开垦土地一千二百一十二顷三十六亩。湖广巡抚刘兆麟疏报，安陆、荆州等十府州陆续垦田一千八百零七顷四十五亩。清初垦田的迅速发展，与划分辖地直接相关。

4月，松月（上海市吴淞江以南地区）人民亡明后裔朱光辅（即朱二官）、朱拱橺（即朱日生）起义，称周王，有封职、宝印、札付、号旗等。园顿教、涅盘教、拜空教、大乘教等江南教徒纷纷参加起义。松江知府张羽明发觉后，逮捕总兵金仲美等八十余人，全部凌迟处死。复兴大狱，株连者不计其数。独朱光辅、朱拱橺严缉而未获。张羽明企图通过残酷镇压这次起义而得以高升，然而，时过未久，他也被革职。

4月，巴海与副都统海塔、傅格率民在今宁安镇建新城。

五月

5月，清政府设承德、开原、铁岭三县，添设奉天府丞等官，改辽阳为辽州，会同海盐、盖平，均属奉天府。改广宁为府，添设通判、推官等职，设广宁县、宁远州，属广宁府，俱令奉天府府尹管辖。次年元月，又改奉天所属锦县为锦州府，广宁府改为广宁县，属锦州府。

5月，莫里哀作品演给国王看，触怒了巴黎大主教。迫于强大的宗教压力，剧作停演。

八月

8月30日，清廷下令严禁私自买赎流放宁古塔、盛京等处的叛逆家属。

九月

9月26日，清廷开始对汤若望等耶稣会士审讯。参加公审者有吏、礼部的几十名大员。

文学家钱谦益逝世，钱谦益（1582－1664）。谦益字受之，号牧斋、蒙叟，常熟人。著有《初学集》、《有学集》等，编有《列朝诗集》。有藏书楼名绛云楼，顺治七年失火烧毁。谦益妾柳如是（1618—1664），号河东君、靡芜君，能诗画。

9月，张仓水遇害殉国。生于明万历48年(公元1620年)6月，，他是明末众多抗清英烈中的杰出代表人物，一直与郑成功、袁崇焕、史可法、李定国、陈子龙、黄道周等英雄齐名，其刚烈正气，则可与南宋末年之文天祥相媲美。

10月25日，意大利著名物理学家托里拆利逝世。

李来亨以死抗清：康熙三年（1664），原明末大顺农民起义军，只有李来亨率部众坚守茅麓山，奋力抗清。是年，清军集结二十万人，三路进兵。大败后，将满汉三省兵“分汛连营，树立木城，挑堑排桩，密匝围之。”同年六月和闰六月，李来亨两次亲自率将士出击，力图冲破清军的封锁，但由于双方实力悬殊，李来亨又孤军作战，更无援军，未能取胜。当双方相持到九月时，农民军粮食用尽，清军重重围困。李来亨自知不能久存，但他镇静自若，大义凛然，在会集了众将、安排好农民军的撤离等事后，当月二十四日，举火焚烧了山寨，并和妻子、亲随等人投火自焚，宁死不屈。李来亨部的三万余名战士，被俘者仅一百五十人。